O litoral sul com 220 km de costa compreendendo os municípios de Chuí, Santa Vitória do Palmar e parte do município de Rio Grande possui cinco pontos de coleta.

Nesta região destacando-se como recurso hídrico a Lagoa Mirim. Relativamente rasa com profundidade média de 6 metros, extensão de 180 km e largura média de 22 km. Liga-se a Laguna dos Patos pelo canal São Gonçalo.

A Estação Ecológica do Taim, localizada em sua margem leste, serve de ponto de pouso, descanso e nidificação de aves migratórias. O Parque Nacional da Lagoa do Peixe e a Estação Ecológica do Taim são Unidades de Conservação Federal tombadas pela UNESCO como Reserva da Biosfera.